高速なR+RStudioの環境構築(ArchLinux)
RのArchLinuxでの導入手順はR-Archwikiの通り行って(MKL無しOpenBLAS使用)いたが、MKLを導入したいと思っていた。Anaconda(Python)だとインストールすればMKLは自動的に使える。RでもMKLを使うのにわざわざintel登録やらインストールやら管理をしなくても済むものは無いものかと調べたら「Microsoft R Open」が見付かった。
早速以下でRとRStudioの詳細な設定手順を残しておく。
目次
Rのインストールと設定
Rのインストール時にFortranでコンパイル、及びMKLでマルチコア、最適化された動作(ライブラリによって異なる)するので高速なR環境が提供される。
Rのインストール
R(microsoft-r-open)とMKL(revomath)をインストールするコマンド。
gcc-fortranなども必要だが、下記コマンドを実行すれば必要なものも自動でインストールするので気にせず実行。
$ yaourt -S microsoft-r-open revomath # jdkは8にした #==> microsoft-r-open に欠けている依存パッケージをインストールあるいはビルド: #:: 2 個の選択肢が java-environment にはあります: #:: リポジトリ extra # 1) jdk7-openjdk 2) jdk8-openjdk #数字を入力してください (デフォルト=1): 2 [Enter] # 衝突するパッケージの確認 #:: revomath と microsoft-r-open-blas が衝突しています。microsoft-r-open-blas #を削除しますか? [y/N] y
Rの設定各種
起動メッセージを非表示
Rの起動メッセージを非表示にするにはTerminalでR --quiet
と入力すればよい。
面倒なので.bashrcに下記コードを登録しTerminalに「r」と入力すれば起動メッセージ無しでRを起動できるようにする。
#------------------------------------------------------------ # start command of R #------------------------------------------------------------ alias r='R --quiet'
更に細かく設定
このままだと、様々なファイルが様々な場所に作成される結果と成り得る。Rの構成は少しややこしいが、下記手順で決まったディレクトリに決まったファイルを置けるよう設定しておく。(以下は参考で)
- 決定しておくファイルとディレクトリの位置 ↓
export | ディレクトリ位置 | ファイルorディレクトリ |
---|---|---|
R_HOME_USER | /usr/bin/ | R |
R_PROFILE_USER | ${HOME}/.config/R/ | Rprofile.r |
R_LIBS_USER | ${HOME}/.config/R/ | checkpoint |
R_HISTFILE | ${HOME}/.config/R/ | .Rhistory |
R_DEFAULT_PACKAGES | /usr/lib/MRO-◯.◯.◯/R-◯.◯.◯/lib64/R/library/ | 'datasets,utils,grDevices,graphics,stats,methods' |
working_directory | ~/addfun/r | .RData & .Rファイル等 |
その他設定する場合
MYSQL_HOME = /var/lib/mysql
など
~/.config
ディレクトリ内にR
ディレクトリを作成作成した
R
ディレクトリ内にRprofile.r
ファイルを新規作成し下記コードを入力保存作成した
R
ディレクトリ内にcheckpoint
ディレクトリを新規作成(ライブラリインストール用ディレクトリ)
setwd("~/addfun/r") .First <- function(){ #welcome message message("Welcome back ", Sys.getenv("USER"),"!\n","working directory is:", getwd()) } # options(prompt = paste(paste (Sys.info () [c ("user", "nodename")], collapse = "@"),"[R] ")) options(prompt = paste("> ")) options(digits = 7) options(stringsAsFactors = FALSE) options(show.signif.stars = FALSE) # error = quote(dump.frames("${R_HOME_USER}/testdump", TRUE))
※「setwd()」のカッコ内に表のworking directoryのPATHを入力する。
~/
ディレクトリ内に.Renviron
ファイルを新規作成し下記コードを入力保存
R_HOME_USER = /usr/bin/ R_PROFILE_USER = ${HOME}/.config/R/Rprofile.r R_HISTFILE = ${HOME}/.config/R/.Rhistory R_LIBS_USER = '${HOME}/.config/R/checkpoint' R_DEFAULT_PACKAGES = 'datasets,utils,grDevices,graphics,stats,methods' ## MYSQL_HOME = /var/lib/mysql
以下画像のように使えるようになる。
RStudioのインストール
RStudioのインストール
下記コマンドを実行しRStudioの安定版をインストールする。
$ yaourt -S rstudio-desktop-bin
Rとの連携は何もしなくてもできている。
RStudioの起動
「メニュー」→「プログラミング」→「RStudio」で起動。
起動メッセージは出てきてしまうが、「Ctrl + L」で画面を全クリアできる。
基本的な設定
「Tools」→「Global Options...」で実施
最後に
インストールした後に以下の記事を見つけた。
海外ではかなりメジャーなのですね!
それから、先日Twitterのアンケート機能で「どのRを使っていますか?」というアンケートを実施してみたので結果を貼っておきます。
どのRを使ってますか?【拡散希望(フォロワー少ないので💦)】
— Riku @もふもふJunky (@mofoolog) 2016年3月4日
結果はR Project.orgの圧勝っぽいですが、細かい部分は質問してないですしサンプル数も少ない(ボクには精一杯(汗))ので「だから何?」という感じですが、とても楽しめるものでした。投票いただいた方々、RTやFavをしていただいた方々、本当にありがとうございました。